Díky za rady,
cpulimit je následovník toho co posílal Jakub, nicméně tyhle utilitky jsou na konkrétní procesy, nebo alespoň jsem zatím neobjevil způsob, jak to použít "globálně" na uživatele a všechny jeho procesy.
Na cgroups se ještě mrknu díky. Jinak můj problém je v tom, že některý PHP skripty na webu sestřenky běží třeba jednu dvě minuty na 100% cpu a i když má nižší prioritu, pořád mi chodí alerty o vyšší odezvě ostatních služeb. Poladit ty skripty je věc jiná, chtěl jsem jí jednoduše zkrouhnout a ať jí tam běží co chce.