 
            Jediné řešení, které mě napadlo je, že bych musel pro daný projekt vytvořit uživatele dva a jednu skupinu. Php-fpm pool by pak běžel pod "project-pool":"project", všechny soubory by ale vlastnil "project":"project". Skupina by měla přístup jen pro čtení a php-fpm pool by to nemohl změnit. Skupina by měla práva zápisu jen do složky "/tmp", aby si mohla aplikace vytvářet dočasné soubory.
Jenže jsem na takové nastavení práv nikde nenarazil a tak nevím, jestli jsem to moc "nepřekombinoval" :-D
To je AFAIK jediná jednoduchá možnost.